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木包装箱在运输和储存过程中起着重要的作用，因此必须保证其安全性。为了确保木包装箱的安全性，需要采取以下措施：
选用优质的木材作为包装箱的材料。优质的木材具有较好的强度和耐用性，可以有效地保护包装箱内的物品。同时，木材的加工和处理也需要符合相关的标准和规定，以确保包装箱的质量和安全性。
其次，对实木木箱进行适当的设计和结构加固。包装箱的设计应考虑到存放物品的重量和特性，确保箱体结构稳固，不易变形或破损。可以通过加固箱体的角部和连接部位，增加箱体的稳定性和承载力，提高包装箱的安全性。
第三，加强包装箱的防潮防霉处理。木材容易受潮发霉，影响包装箱的使用寿命和安全性。因此，在包装箱的制作过程中，可以采用防潮处理剂或防霉涂料，防止木材受潮发霉，确保包装箱的干燥和清洁。
第四，合理包装物品，避免包装箱内物品的移动和碰撞。在包装箱内部可以加入各种填充物或缓冲材料，固定物品的位置，减少运输过程中的震动和碰撞，保护物品不受损坏。同时，在封箱时要确保封口牢固，防止包装箱因封口不严而导致物品丢失或损坏。
后，运输过程中需注意包装箱的稳固和保护。在搬运、装卸和运输过程中，要注意轻拿轻放，避免包装箱的摔落和碰撞。在装载时，应合理安排包装箱的位置和固定方式，确保箱体不会晃动或倾倒，保证运输过程中的安全稳定。
其次要注意包装箱的材质和质量。木包装箱通常使用的材质是实木或胶合板，要选择质量好、结实耐用的材料来制作包装箱，以确保能够承受运输过程中的挤压、震动等外力，保护物品不受损坏。此外，要确保木材没有虫蛀和霉变等问题，以免影响包装箱的使用寿命和安全性。
免熏蒸木箱的原材料为复合板或胶合板，其板材是用各类木制余料通过高温高压后模压成型，制成品中不会藏有昆虫及虫卵，传入有害生物的风险很小，不会对农业和森林资源产生危害。因此该类木箱用作包装箱出口时，海关部门不要求免熏蒸木箱厂家做熏蒸处理。
常见的木质包装箱有花栏式、封闭式和组合式三种。
1.花栏式包装箱：包装箱采用花栏样设计、减轻包装件中体重量，可视内装物，便于设备的检查，箱体尺寸自由设计。
2.封闭式包装箱：全封闭设计，防尘、防潮、防油污。外部采用加强型、无钉型专业设计，较大限度保护所装产品，箱体尺寸可自由设计。
3.组合式包装箱：重量轻，箱体牢固，修复更换简单，可拆装组合周转使用，空置是可拆成单片，节省储运空间及运费， 方便储运装卸，加强交接点验，降低物流成本，优化物流系统，箱体尺寸可自由设计。
4.木箱对选用农林生物质材料制得包装用材也成为研究的热点,利用农作物秸秆压制的包装用人造板,其应用前景也十分广阔,它将是一种很有前途的包装材料。